第一部分、自動報繳查核實務
第二部分、違章案例解析
第一部分、自動報繳查核實務
壹、申報書種類
一、401申報書：供專營四章一節應稅（含零稅率）營業人使用。
二、403申報書：供兼營應稅與免稅或兼營四章一節及二節營業人使用。
三、404申報書：供專營四章二節（金融業等）營業人使用。
貳、申報書之填寫
一、「銷項」欄：
1、將發票存根聯，依類別填入統一發票明細表中，再與銷貨退回折讓單，轉填至申報書「銷項」欄。
2、外銷貨物及勞務得免開發票，惟仍應將銷售額填入「零稅率銷售額」欄。
3、外銷營業人另填「營業人申報適用零稅率銷售額清單」，檢同附件一併申報。
貳.1、一筆交易開立多張連續收銀機發票，應以最後1張為代表號並以總金額登錄申報
依營業人使用收銀機辦法第4條規定，營業人使用收銀機開立發票者，其收銀機應具備有合計、日計及月計等統計性能，於遇有需要登錄2張以上之發票時，能逐張印出順序號碼，於最後一張印出合計金額。因此，同一筆交易開立多張連續二聯式收銀機發票，可於最後一張印出合計金額，應依下列規定登錄，俾使申報資料一致與正確，減少進、銷交查異常：
叁、地址變更之營業稅申報受理機關
〈壹〉、已辦地址變更登記之營業人，其當期營業稅應向遷入地國稅局申報：
營業人辦妥營業地址變更登記後，其主管稽徵機關應即為遷入地國稅局，有關申報銷售額、應納、應退或留底稅額等事項，應依營業稅法第35條1項規定，一併向遷入地國稅局辦理。（財政部86.8.21台財稅第860459183號函）
肆、總分支機構總繳之申請受理機關
〈壹〉、由總機構合併報繳營業稅者，擬按月申報時，應由總機構提出申請：（財政部96.11.2台財稅字第09604555550號令）
〈貳〉、經核准由總機構總繳之分支機構發生新增、註銷或變更事項，應由所在地國稅局辦理異動通報：（財政部80.1.17台財稅第790731141號函）
伍、營業人跨越不同轄區辦理活動
一、已辦理營業登記者：向總機構或分支機構營業登記所在地之國稅局辦理申報繳稅，但辦理活動之營業人如係屬分支機構且經核准總繳者，依營業稅法第38條2項總機構總繳規定辦理。
二、未辦理營業登記者：活動所在地之國稅局，得就營業人對外銷售票券收入，按5﹪稅率計算銷項稅額，扣減進項稅額後，就其應納稅額發單課徵。但經國稅局查獲之銷售額大於營業人申報之銷售額者，按查獲之銷售額，依上述計算應納稅額發單課徵。（財政部87.12.24台財稅第871979881號函）
陸、准免申報銷售額之特殊規定
一、專營投資證券業務之營業人准免申報銷售額：專營投資證券業務之營業人，出售股票及所取得之股利收入，依法既准免徵營業稅並得免開立發票，其每月之銷售額，應准免予申報，以資簡化。但其取得之進項憑證所支付之進項稅額，應不得申請退還。（財政部79.4.18台財稅第790625021號函）
二、未對外銷售之管理決策機構，准免申報銷售額：（財政部75.10.9台財稅第7569749號函）
柒、合作社依法經營免稅業務，仍應按期申報銷售額
合作社依法經營銷售與社員之貨物或勞務及政府委託其代辦之業務，應依營業稅法第35條1項規定按期申報銷售額。（財政部81.11.2台財稅第810858524號函）
捌、以郵政掛號辦理營業稅申報之相關事宜
營利事業以郵政掛號辦理營業稅申報並無不受理之規定，惟營業人如有應納稅額，應依營業稅法第35條規定先向公庫繳納後，檢同繳納收據、申報書及有關文件向國稅局申報。（財政部賦稅署78.1.24台稅二發第781138101號函）
玖、媒體與網路申報
〈壹〉、營業稅媒體申報只需核備，不需事先申請核准：
依「營業稅電子資料申報繳稅作業要點」規定，營業人首次採用電磁紀錄媒體申報營業稅、變更申報代理人、聯絡電話、傳真等聯絡資訊或異動媒體種類等資料時，只需於該次申報送件時，檢附「營業稅媒體申報聯絡資料（變更）單」，載明營業人或申報代理人之聯絡資料和採用之媒體種類，一併向國稅局申報核備即可，不需事先申請核准。
拾、營業稅之繳納稅款方式
一、現金繳稅：
1、臨櫃繳稅：營業人於電子申報繳稅系統列印附條碼之繳款書後，可持現金或支票至代收稅款處繳納稅款。
2、便利超商繳稅：營業人於電子申報繳稅系統列印附條碼之繳款書後，其應自行繳納稅額在2萬元以下者，於繳納期限內得持現金至便利商店繳納稅款。
第二部分、違章案例解析
壹、申請停業登記當期未依規定申報營業稅，要罰：
例如甲公司於97.11.30申請停業登記，未申報當期營業稅，經國稅局查獲，加徵怠報金3,000元。甲公司不服，主張其於97.11.30已向國稅局申請准自97.12.1至98.11.30停業一年，且97年11-12月當期無銷售額，無須申報營業稅云云，申請復查。經國稅局以甲公司雖已申請自97.12.1起停業，97年12月份停業前無任何營業行為，依規定仍應於98.1.15前申報97年11-12月銷售額及統一發票明細表，甲公司未依限申報，因無核定應納稅額，加徵怠報金3,000元並無不合，復查決定予以駁回。
貳、非供本業或附屬業務使用所取得之進項發票，不得扣抵：
例如甲公司於98年7至8月購買冷氣機一組5萬元，並將取得進項發票申報扣抵，案經國稅局查獲係放置於負責人家裡自用，屬非供本業或附屬業務使用之貨物，除補稅外，並依營業稅法第51條規定處罰。
叁、將與公司業務無關或屬個人、家庭消費物品所取得之發票申報扣抵，要罰：
例如國稅局查獲甲公司購買藝術品價值50萬元，並取得進項發票申報扣抵，經查核發現係公司負責人個人收藏品，非供本業或附屬業務使用，涉嫌虛報進項稅額，除補稅外，並依營業稅法第51條規定處罰。
肆、購買自用乘人小汽車，不得申報扣抵：
例如甲直銷公司於97年9至10月申報扣抵乘人小汽車銷售額100萬元、稅額5萬元，經國稅局選案查核，負責人主張該等車輛係購贈予乙公司作為97年上半年直銷佣金業績達5,000萬元獎勵之用；惟經另調閱乙公司帳證查核，該期間僅開立佣金收入發票4,800萬元予甲公司，進而查獲乙公司漏開發票銷售額200萬元。處罰如下：
伍、營業人代收代付款項，非屬營業稅課稅範圍，不應收取發票；縱取得發票，亦不得申報扣抵：
例如甲公司97年度委託仲介業者乙公司引進外勞，甲公司給付外勞之薪資共計300萬元，係由外勞全額具領，甲公司自應依法辦理扣繳。惟甲公司每月代為支付給仲介業者乙公司之服務費3萬元（全年共36萬元），係自外勞薪資中扣除，乙公司應就該服務費開立二聯式應稅發票交付與外勞；惟乙公司誤將該服務費開立發票予甲公司，而甲公司卻申報扣抵，經國稅局查獲，除補稅外，並依營業稅法第51條規定處罰。