營利事業辦理所得稅結算或決算申報時，除未適用投資抵減獎勵，且無「所得基本稅額條例」第7條第1項各款規定的所得（如證券及期貨交易所得或合於獎勵規定之各項免稅所得等），符合該條例第3條規定者外，均應依規定計算、申報及繳納所得基本稅額。
南區國稅局表示，營利事業於辦理所得稅結算或決算申報時，若有申列減除投資抵減稅額，縱無免稅所得，仍應依規定計算一般所得稅額及基本稅額，否則，即構成該條例第15條第2項規定之違章行為。
該局進一步說明，所稱「一般所得稅額」係指營所稅結算或決算之應納稅額，減除投資抵減稅額後之餘額；所稱「基本稅額」係指依所得基本稅額條例第7條規定計算之基本所得額，扣除200萬元後，按稅率10%計算之金額。若一般所得稅額小於基本稅額，其差額即為營利事業應繳之基本稅額，且此差額不得適用投資抵減。
如營利事業漏未申報所得基本稅額，於稽徵機關查獲違章後，得否申請更正當年度已申報抵減之投資抵減稅額？依財政部100年7月26日台財稅字第10004063150號令規定，如係於調查基準日後始申請更正調減當年度已申報抵減之投資抵減稅額者，稽徵機關應予否准，並應依所得基本稅額條例第15條第2項規定處罰。
為便於瞭解，該局舉例說明：假設國內甲公司99年度之課稅所得額為4,000萬元，應納稅額為680萬元，並申報減除投資抵減稅額680萬元，是甲公司之一般所得稅額為0元，另依所得基本稅額條例規定計算之基本稅額為380萬元，即（4,000萬元-200萬元）×10%，依規定甲公司應申報計算並繳納一般所得稅額與基本稅額之差額380萬元。如甲公司僅辦理營利事業所得稅結算申報，俟稽徵機關查獲後，始申請更正調減當年度申報減除之投資抵減稅額為300萬元，以使一般所得稅額變更為380萬元，惟因其申請係在調查基準日後，國稅局無法准其更正，除補徵基本稅額380萬元外，尚需處罰。
國稅局特別提醒營利事業，於辦理營利事業所得稅結算申報時，如有申報減除依法律規定投資抵減稅額時，應充分考量抵減結果對一般所得稅額與基本稅額之影響，以免遭補稅處罰，損及自身權益！
新聞稿聯絡人：審查一科莊股長06-2298034
彙總編號：10011-1105
