立法院於99年5月28日三讀通過「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第29條之1」修正案，臺灣地區及大陸地區之海運、空運公司，參與兩岸船舶運輸及航空運輸，在對方取得之運輸收入，得依兩岸海運及空運協議事項，於互惠原則下，相互減免應納之營業稅及所得稅。
前開減免稅捐規定係依兩岸協議事項辦理，自兩岸海運、空運協議簽署生效後之相關收入及所得開始適用，可解決我國航空公司因我方無執行兩岸互免海空運稅捐措施之法據及大陸外匯管制致資金無法匯回，影響其在大陸地區營運之租稅問題。
財政部表示，兩岸海運及空運互免所得稅及營業稅，可降低我國海運及空運業者營運成本，亦可減少租稅課徵之不確定性，進而增加其國際競爭力。
