財政部表示，考量民間機構參與重大公共建設期程過長或分期興建、營運之特性，常導致其部分興建或營運設施無法符合修正前「民間機構參與重大公共建設適用投資抵減辦法」(以下簡稱本辦法)第5條第1項第1款應於重大公共建設主辦機關核定興建或營運計畫之日起2年內訂購，並自訂購日起3年內交貨之規定，影響民間機構適用促進民間參與公共建設法第37條規定投資抵減之權益，爰修正本辦法，於99年7月12日發布施行。修正重點如下：
一、民間機構購置自行使用之興建、營運設備或技術、防治污染設備或技術，適用促進民間參與公共建設法第37條投資抵減相關規定者，以於主辦機關核定興建或營運計畫之日至營運開始前購置者為限，但重大公共建設投資契約另有約定者，不在此限。(修正條文第3條及第4條)
二、民間機構購置自行使用之興建、營運設備或技術，應於重大公共建設主辦機關核定民間機構所提興建或營運計畫之日起5年內交貨。(修正條文第5條第1項)
三、增訂民間機構申請核發整項設備或技術認定證明文件之要件、期間及程序。(修正條文第5條第2項至第4項)
四、增訂民間機構參與重大公共建設如有分期程興建或營運之必要，其符合一定條件者，主辦機關得核定分期程興建或營運，並按各期程分別認定適用本辦法投資抵減相關規定。 (修正條文第5條第5項)
五、增訂稅捐稽徵機關於核定抵減稅額時，對民間機構申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽主辦機關協助認定。(修正條文第11條)
六、民間機構違反促進民間參與公共建設法第52條、第53條規定情事，經主辦機關終止契約者，其終止之原因如可歸責於民間機構，應追繳其投資抵減稅額及加計利息。(修正條文第13條)
由於民間機構參與重大公共建設之期程頗長，可能跨越本次本辦法修正前後之期間，為利民間機構及重大公共建設主辦機關瞭解修正前後條文適用方式，財政部依本次修正條文第16條規定，補充說明民間機構申請抵減營利事業所得稅適用該辦法之時點如下：
一、適用5年內交貨期限部分：民間機構參與重大公共建設購置之設備或技術於99年7月13日以前交貨者，仍適用修正前主辦機關核定其所提興建或營運計畫之日(以下簡稱計畫核定日)起2年內訂購，並自訂購日起3年內交貨之規定；其於99年7月14日(本次修正生效日) 以後交貨者，適用修正後計畫核定日起5年內交貨之規定。
二、前開計畫核定日於99年7月13日以前者，因修正前並無分期程興建或營運之規定，故不得分期程適用投資抵減；計畫核定日於99年7月14日以後者，民間機構如有分期程興建或營運之必要，且各期程實際投資均達重大公共建設範圍2分之1者，主辦機關得核定重大公共建設計畫分期程興建或營運，並以各期程之核定日為民間機構購置適用投資抵減設備或技術之始日及起算交貨期限之始日。
附件：「民間機構參與重大公共建設適用投資抵減辦法」修正條文對照表。
相關附件：
「民間機構參與重大公共建設適用投資抵減辦法」修正條文對照表
