財政部表示，為提升公共服務水準，加速社會經濟發展，促進民間參與公共建設法(以下簡稱促參法)第36條第1項提供參與重大公共建設之民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅之租稅優惠，以積極鼓勵民間機構參與符合重大公共建設範圍門檻要件之重大公共建設，例如投資總額不含土地達新臺幣10億元以上之大眾捷運系統、輕軌運輸系統、港埠及其設施等。為因應我國未來重大公共建設興建之需要，財政部於99年9月23日修正發布「民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法(以下簡稱本辦法)」，明定民間機構參與重大公共建設得免納營利事業所得稅之起始年度，為民間機構實際投資達重大公共建設範圍之門檻要件，且開始營運、有課稅所得之年度，以資明確。
財政部進一步說明本次修正重點如下：
一、參照所得稅法施行細則規定，修正本辦法所稱「課稅所得」定義，並增訂「開始營運」及「有課稅所得之年度」定義。(修正條文第2條)
二、配合促參法施行細則第2條第1項交通建設納入智慧型運輸系統規定，增訂智慧型運輸系統及其免稅所得項目；另配合同細則第17條刪除重大商業設施之大型購物中心規定，刪除重大商業設施之大型購物中心及其免稅所得項目規定。增訂非屬重大公共建設業務之成本費用辨認、分攤方式。(修正條文第3條)
三、修正免稅及延遲免稅之申請期間、程序及應檢附文件之記載事項。(修正條文第5條至第7條)
四、98年5月27日修正公布所得稅法第110條增訂納稅義務人決算或清算申報有短漏報所得情形者，亦應依該條規定處罰，爰配合增訂決算或清算申報短漏報情節重大者不得適用本辦法之規定，以資周全。另修正提高非屬短漏報情節重大仍得適用本辦法之標準為短漏報所得額依短漏報年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣(以下同)20萬元(修正前為10萬元)，以兼顧短漏報應稅及免稅所得之情形，並符合比例原則。(修正條文第8條)
五、增訂民間機構違反促參法第52條、第53條規定情事，經主辦機關終止契約者，其原因如不可歸責於民間機構，不得繼續適用免稅；如可歸責於民間機構，應補繳原減免之營利事業所得稅額並加計利息，以資公允。(修正條文第9條)
本次修正重點之ㄧ為明定民間機構參與重大公共建設得免納營利事業所得稅之起始年度，將使民間機構享有較大之免稅利益，提升其參與重大公共建設之意願，增進民間投資規模。以民間機構A公司依促參法與主辦機關B縣政府於94年間簽訂投資觀光遊憩重大設施促參契約為例，依促參法重大公共建設範圍之門檻要件為投資總額(不含土地)應達新臺幣「3億元」以上，假設A公司截至95年底投資金額達新臺幣1億元並開始營運，爾後陸續增加投資，截至98年底投資金額達新臺幣3億元。A公司自95年度起有課稅所得，95年度為1千萬元、96年度為2千萬元、97年度為3千萬元、98年度為4千萬元、99年度至102年度均為5千萬元。
本次修正前，本辦法第5條第1項僅規定自重大公共建設開始營運、有課稅所得之年度為免稅起始年度，依上述案例，A公司於未達投資門檻要件時，即自95年度起免稅5年(95年度至99年度)，免稅所得合計新臺幣1億5千萬元。而依據本次修正規定，A公司於所參與重大公共建設實際投資達重大公共建設範圍之門檻要件，開始營運且有課稅所得之年度起開始免稅，即自98年度起免稅5年(98年度至102年度)，免稅所得合計新臺幣2億4千萬元，享有之免稅利益顯較修正前為大。
財政部表示，本辦法修正後，將更符合促進民間投資重大公共建設之獎勵意旨，落實租稅獎勵政策，避免徵納雙方爭議，使政府之有限獎勵資源作有效運用。
