為促進海峽兩岸經貿交流，並本於互惠原則，我與大陸雙方同意，參與兩岸海空運輸業務取得之運輸收入，相互減免應納之營業稅及所得稅；財政部已於99年7月1日台財稅字第09900263680號令訂定「海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法」（以下簡稱：兩岸稅收互免辦法），以落實政策之施行。依據兩岸稅收互免辦法第3條規定，大陸地區船舶運送業於97年12月15日以後、民用航空運輸業於98年6月25日以後，自臺灣地區載運客、貨進入大陸地區取得之運輸收入，營業稅稅率為零，其所得亦免徵營利事業所得稅。
南區國稅局進一步說明，大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業自前揭日期以後，取得上述運輸收入及所得，可依兩岸稅收互免辦法第5條但書規定檢附：
（一）目的事業主管機關核可文件。
（二）所得相關證明及其他相關文件。
於事先向給付人（即扣繳義務人）所在地之稅捐稽徵機關申請核准免徵營利事業所得稅，或於辦理營利事業所得稅結算申報或申報納稅時併同申請，由稽徵機關核定其免徵之營利事業所得額。
該局特別提醒大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業者，如已依各類所得扣繳率標準扣繳，或已辦理結算申報納稅者，得依該互免辦法第6條規定，自繳納稅款之日起5年內，除檢附前項（一）、（二）等之證明文件外，尚需檢附扣繳憑單或申報書及繳款書正本，向原受理之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款。
最後，為避免因未申請核准免稅而須先繳稅後再辦理退稅，南區國稅局籲請業者事先申請核准，以免徒增困擾並維護自身權益唷！
新聞稿聯絡人：審查一科吳股長06-2298034
彙總編號：99101103
