財政部臺灣省北區國稅局表示，促進產業升級條例之立法目的所重者在於促進產業升級，且為查明研究發展確有促進產業升級，即須有從事相關產業升級之研究發展支出事實，始得據以抵減稅額，又研究發展支出之要件事實，多發生於納稅義務人所得支配之範圍，稅捐稽徵機關掌握困難，為貫徹公平合法課稅之目的，有關納稅義務人按促進產業升級條例規定列報研究發展支出之事實，應由納義務人負舉證責任，實務上通稱為申報協力義務。
北區國稅局舉例說明，甲公司94年度列報研究與發展支出1億6千餘萬元及可抵減稅額6千餘萬元，但未提供該年度完整之研發計畫或紀錄等相關資料供核，經該局剔除，該公司不服提起行政救濟，經臺北高等行政法院判決甲公司敗訴。
依據臺北高等行政法院判決意旨，依目前研發投資抵減之相關審查法規範規定，有關研究發展活動抵稅門檻高度之判斷以及其對應支出真實性之審查，均委由稅捐機關審查，若申請抵稅之企業沒有留下客觀、可信之研發紀錄書面，或其書面不完整無法為客觀之審查，實無法要求稅捐機關，跳離審查法規範所要求之法定書面文件，另為個案式之專業鑑定審查，因為其會造成審查成本之急遽升高。又即使假設對個案而言，此等審查之邊際成本尚在邊際效益之下，但是一旦形成此等司法先例難保不會有其他不誠實或輕率之企業，放棄書面紀錄或看輕書面紀錄之重要性，並利用資訊不對稱之現實，任意要求高額成本個案式獨立專業審查，使抵稅之審查成本提高。而上述書面審查精神，正是現行審查規範所採取之原則。是該甲公司未提供該年度完整之研發計畫等相關資料供核，此等不作為造成研發軌跡之中斷，實質違反上開書面審查之規範精神。
該局同時表示，促進產業升級條例雖經廢止，惟納稅義務人於稽徵機關查核之部分已申報尚未核定案件時，有關促進產業升級條例中研究發展適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，仍應參照公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法及其審查要點之規定辦理，以免不符規定遭補稅，影響自身權益。
