財政部高雄市國稅局表示，依稅捐稽徵法第28條第1項、第50條及所得稅法第88條第1項第2款、第89條第1項第2款規定，如有適用法令錯誤致誤扣繳稅款情事，應由納稅義務人或扣繳義務人申請退還，始符合規定。
依據改制前行政法院50年判字第110號判例規定，法人為法律上之獨立人格者，其與為法人代表人之自然人，係各別之權利義務主體，不容混為一談。而所得稅法第89條業已明定各項所得給付時扣繳義務人之身份，是欲依稅捐稽徵法第28條規定申請退還溢扣繳稅款時，應注意須以納稅義務人或扣繳義務人之名義提出申請。該局指出，是類案件常見法人（即公司）以其名義提出申請而非以扣繳義務人（即公司之負責人）名義為之，致發生當事人不適格而遭行政法院駁回之情形，不僅耗費訴訟資源也影響當事人權益甚鉅。
該局舉例，A公司給付外籍員工甲君薪資時，業由A公司負責人乙君按扣繳率20%扣繳稅款87萬餘元在案，事後A公司認為該薪資非屬中華民國來源所得，無所得稅法第88條規定之適用，原扣繳款應有適用法令錯誤為由，乃以A公司之名義依稅捐稽徵法第28條規定申請退還上開扣繳稅款。惟按所得稅法第88條第1項第2款及第89條第1項第2款規定，該報酬之所得稅納稅義務人為甲君，而扣繳義務人則為A公司負責人乙君；乙君因係A公司之負責人，對A公司之業務居於監督執行之地位，而國家為確保稽徵效率，所得稅法第89條乃課以其負責人扣繳之協力義務，此係給付金錢義務之營利事業負責人之行為義務，縱使A公司有事實上之利害關係，亦無從代替納稅義務人或扣繳義務人行使返還稅捐請求權之法律上權利。是依稅捐稽徵法第28條第1項及第50條規定，自應由甲君或乙君申請退還溢扣繳稅款，始符合規定，原處分機關乃否准其請，A公司不服，循序提起訴願及行政訴訟，業經最高行政法院判決上訴駁回，已為確定案件。
該局呼籲，依稅捐稽徵法第28條規定申請退還溢扣繳稅款時，應注意當事人是否適格，俾免發生後續稅務爭議，以維護本身權益。【＃406】
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