為落實專業分工並避免爭議，在產業創新條例時代下，公司的研究發展支出適用投資抵減均採預審制度，即公司應先向其中央目的事業主管機關申請創新研發事實的認定，並於辦理結算申報時，檢附文件由國稅局負責支出項目、金額及憑證之審核認定。
財政部臺灣省南區國稅局表示，依據公司研究發展支出適用投資抵減辦法第2、3條及第12條規定，公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附文件向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合高度創新之研發態樣，始得適用投資抵減之獎勵。以會計年度採曆年制之公司來說，在5月份辦理營利事業所得稅結算申報，其應在2月到6月這段期間向中央目的事業主管機關（例如：製造業及其相關技術服務業的中央目的事業主管機關為經濟部工業局）提出申請。
該局特別提醒公司，若99年度有研究發展支出要申請適用投資抵減者，應注意上述申請規定及期限，以免影響自身權益唷！
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彙總編號：10001-1104
