財政部臺灣省北區國稅局表示，依財政部98年9月17日台財稅字第09800257300號令規定，公司員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本，係以各年度實際發放或員工實際執行數額適用促進產業升級條例研發投資抵減。促進產業升級條例於98年底施行期滿後，公司如於99年度或以後年度始實際發放或執行以前年度已認列為薪資支出的員工分紅或以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本，該實際發放或執行數額，按費用認列當年度經稅捐稽徵機關核定符合促進產業升級條例及其「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款規定之研發計畫相關研發人員，實際從事研發工作之月份比例計算金額部分或按其於權益商品既得期間實際從事研發工作之月份占既得期間月份比例計算金額部分，可依產業創新條例第10條及第72條規定適用研究發展支出投資抵減。
舉例說明，A公司於99年度營利事業所得稅結算申報適用投資抵減之研究發展支出計新臺幣（下同）900萬元，其中200萬元為99年度實際發放屬前揭規定之98年度或以前年度之員工分紅、另700萬元為依產業創新條例及其「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」列報之研究發展支出，若該研究計畫及其支出符合產創投抵辦法之規定者，則99年度可適用投抵之研究發展支出為900萬元，得抵減稅額為135萬元（900萬元×15%）；若該研究計畫不符合產業創新投抵辦法之規定者，則99年度可適用之研究發展支出為200萬元，得抵減稅額為30萬元（200萬元×15%），惟適用產業創新條例之抵減稅額於實際抵用時不得超過當年度應納營利事業所得稅稅額之30%。
該局指出，如果有任何申報研究與發展投資抵減方面的問題，可利用該局免費服務電話0800-000321洽詢，或至該局網站（網址為http://www.ntx.gov.tw）查詢相關法令，該局將提供詳細之諮詢服務。
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