花蓮縣地方稅務局表示，分別共有之農業用地，因部分共有人未依法作農業使用，為兼顧其他共有人權益，若89年1月28日全體所有權人已訂有分管契約，得依分管契約所載位置實際使用情形，申請農業用地移轉不課徵或調高原地價課徵土地增值稅。
該局指出，依土地稅法第39條之2第1項及第4項規定，有關作農業使用之農業用地之認定，原則上是以整筆土地均作農業使用，才有申請不課徵及調整原地價之適用，這是泛指一般農業用地為單獨所有之情況所應具備之法定要件。然而對於少數持分共有之農地，受限於法令規定無法分割處理，若有部分共有人未依法作農業使用，而使整宗土地移轉時均不得申請依土地稅法第39條之2第1項及第4項規定不課徵或調高原地價課徵土地增值稅，對於其他共有人似有未公。
為兼顧納稅義務人權益，有關持分共有之農地，依財政部函釋規定，若全體共有人已訂有分管契約，即可依分管契約所載位置，就其分管部分作農業使用並取得作農業使用證明書來審認，其分管事實之認定，對於申請農地不課徵或調高原地價課徵土地增值稅，均得以適用。所不同的是，申請調整原地價之分管契約，仍應以89年1月28日共有土地之全體所有權人已就分別占有共有物之特定部分，而為管理使用等事項有所約定，始足資認定。
