財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內甲君為○○醫院之負責人，亦為所得稅法第89條第1項所稱扣繳義務人，該醫院自88年至95年間給付薪資、租金等所得時，已扣取稅款近1億餘元，但未於各次扣取稅款之次月10日前將上一個月所扣稅款向國庫繳清，經該局查獲，乃按各筆扣繳稅額應繳庫期限每逾2日加徵1﹪滯納金，共計1,500萬餘元。
甲君不服，主張○○醫院與醫師約定有基本門診量及績效超額之獎金給予，平日醫護人員若需借支，亦給予適當通融，故平日支付薪資時並未就各該月之所得扣繳稅款，係待年底時將全年領取所得按全年績效表現分配於各月中，再自動補辦扣繳並加計利息繳入國庫，且於遭檢舉及被調查前已自動補扣並繳納稅款，應適用稅捐稽徵法第48條之1規定為由，資為爭議。案經復查駁回，提起訴願亦遭駁回。
財政部訴願決定略以，甲君為○○醫院之負責人亦為法定之扣繳義務人，88年至95年間給付薪資、租金等所得時，已依規定扣取稅款，但逾規定期限始向公庫繳納稅款，乃依所得稅法第114條第3款規定加徵滯納金，洵無不合。而按「扣繳義務人於給付各種所得時，如已扣取稅款而未依規定期限向公庫繳納稅款者，尚非所得稅法第114條第1款所稱「應扣未扣」或「短扣」稅款之情形，免依該法條規定處罰???。至其在未經檢舉及未經稽機關進行調查前，自動繳納，係屬遲延繳納，應無稅捐稽徵法第48條之1規定之適用，仍應依所得稅法第114條第3款規定加徵滯納金。」為財政部74年10月29日台財稅第24073號函釋在案。
查違反稅法之處罰，有因納稅義務人逃漏稅捐而予處罰之漏稅罰，有因納稅義務人違反稅法上之作為或不作為義務而予處罰之行為罰。稅捐稽徵法第48條之1補報免罰之規定，係指納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款而言，其免罰適用範圍僅以稅捐稽徵法第41條至第45條之處罰及各稅法所定關於逃漏稅之處罰為限；所得稅法第114條第3款規定扣繳義務人逾期繳納所扣稅款者，應加徵滯納金，乃對扣繳義務人未於法定期限內履行報繳稅款義務之處分，此與逃漏稅捐之漏稅罰乃屬兩事，自無稅捐稽徵法第48條之1規定之適用。甲君所訴，顯係誤解法令，委無足採，乃予以駁回。
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