臺北市稅捐處表示，臺北市市府轉運站BOT開發案，除市府轉運站直接用地外，其餘供百貨商場及飯店等附屬事業使用之不動產部分，依法無減免地價稅之適用。
依促進民間參與公共建設法規定，參與重大公共建設之民間機構在興建或營運期間，供其直接使用之不動產應課徵之地價稅得予適當減免，但所經營之附屬事業，不適用租稅優惠之規定。又依臺北市促進民間機構參與重大公共建設減免地價稅房屋稅及契稅自治條例規定，重大公共建設在興建或營運期間，經主辦機關核定供直接使用之土地，自稅捐稽徵機關核准之日起，地價稅免徵5年。
該處進一步說明，市府轉運站用地原經市府主辦機關核定為重大公共建設直接使用之土地，所以才核定該土地自94年起免徵地價稅；惟至99年經建管處核發使用執照後，才發現大部分供商場、百貨公司及飯店等附屬事業使用，因不屬於轉運站直接使用之土地，不符合上述促參法及自治條例規定減免地價稅之要件，於是依該附屬事業使用建物占土地部分之面積補徵地價稅。該處表示，因市府轉運站為市有土地，補徵稅款係向其管理機關臺北市公共運輸處發單課徵。
