98年1月23日修訂的離島建設條例，除提供離島開放博弈產業法源外，並將離島適用範圍擴大，原本僅澎湖、金門及馬祖三地適用之離島建設條例，此次增列綠島、蘭嶼及琉球地區，亦即在這些地區銷售並交付使用之貨物或提供之勞務，可免徵營業稅、進口並於當地銷售之商品則可免徵關稅，還可設置免稅購物商店。
南區國稅局表示：適用本條例免徵營業稅之營業人，銷貨時仍需依規定開立銷貨憑證，惟其進貨取得之進項稅額依法不得申報扣抵銷項稅額，如屬兼營應稅及免稅貨物或勞務者，則應依「兼營營業人營業稅額計算辦法」之規定計算不得扣抵之進項稅額及補繳購買國外勞務之營業稅。
配合離島建設條例修正，該局特別提醒綠島、蘭嶼、琉球三地的營業人，要記得調整收銀機及相關憑證與帳載設定，並依規定開立憑證及申報營業稅，避免因一時疏忽致產生違章情事，而遭受處罰。
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