臺北市稅捐處配合稅捐稽徵法第28條修正公布，主動清查因稅捐機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關錯誤，致溢繳稅款應辦退稅案件，據統計截至98年2月底止列管應查明案件增為200件，金額約389萬餘元；已查明並完成退稅案件計137件，金額約280萬元，其餘尚待查明退稅案件，該處將會儘快依規定處理並主動退還。
臺北市稅捐處表示，此類可歸責於政府機關錯誤的溢繳案件，財政部曾於93年9月24日行文各稅捐機關並解釋，退稅以5年為限，也因此衍生許多訴願案件。在此之前，這類之退稅案件，稅捐處均主動退還，在98年1月21日修法公布生效後，已不受5年期間之限制。該處為顧及民眾權益陸續逐一清查93年以後未退稅之案件，並將依規定於查明後主動加計利息辦理退稅。
