南區國稅局表示，專營學校委託辦理營養午餐，且銷售價格受教育主管機關監督或由教育主管機關全額編列預算支應（即免費營養午餐）之營業人，其每月查定銷售額得不受統一發票標準的限制。
該局進一步說明，為落實愛心辦稅，財政部於98年5月27日發佈「營業人承包各級學校營養午餐態樣及處理原則」， 除上述營業人專營學校委託辦理營養午餐之規定外，針對其他經營型態之營業人承包各級學校營養午餐之營業稅處理原則如下：
1.營業人與學校簽訂團膳採購合約約定提供每人每餐固定金額之餐食者：應按銷售額全額開立應稅發票。
2.營業人與學校簽訂食材採購合約約定由營業人設計菜單經學校同意後，再依菜單提供各類生鮮食材、水果、調味品、半成品、南北雜貨、清潔劑等者：營業人提供經學校核認之食材及價格，核屬營業人銷售食材，若食材符合營業稅法第8條第1項第19款部分，開立免稅發票；其餘部分開立應稅發票。另營業人如就營養師設計菜單向學校收取費用者，應依法開立應稅發票。
3.營業人與學校分別簽訂「代購食材金額」與「代購食材製作工資」合約之約定者：規定如下
代購食材取得之憑證，如符合「修正營業稅法注意事項」代收代付規定：
甲、憑證之買受人載明為學校者，受託之營業人應就「製作工資」開立「代工佣金」應稅發票併同代收轉付憑證交付學校。
乙、憑證之買受人載明為營業人者，受託之營業人應就「製作工資」開立「代工佣金」應稅發票，發票「備註」欄應明確記載代收轉付之項目、金額。
4.營業人與學校簽訂公辦民營採購合約，約定由學校提供廚房、設備，營業人現地製作並供應學校所需午餐，並就廚房之勞務經營管理者：應按銷售額全額開立應稅發票。
為輔導承包各級學校營養午餐之各型態營業人，依上述原則開立統一發票並報繳營業稅，財政部訂定輔導期間自即日起至98年7月31日止為，營業人於該期間如有未依規定辦理之案件，稽徵機關將予補稅免罰結案。
該局呼籲承包各級學校營養午餐之營業人，應自行檢視本身屬何種經營型態，有無依規定開立統一發票並報繳營業稅，避免日後遭到補稅處罰。
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