財政部臺灣省南區國稅局表示，依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定，公司投資於研究與發展及人才培訓之支出，在同一課稅年度內得按30％抵減應納所得稅額，而支出總金額超過前二年度研發經費平均數者，超過部分得按50％抵減之。前述所稱前二年度研發經費平均數，係指公司申報抵減年度前連續二課稅年度，經稅捐稽徵機關核定准予適用投資抵減之研發支出金額之平均數，只要有一年度未申報研究發展支出或經核定無研究發展支出者，則無超過部分得按50％抵減之適用。
甲公司96年度所得稅結算申報案，列報研發支出500萬元，並申請抵減稅額200萬元【＝250萬×30﹪＋（500萬－250萬）×50﹪】。經國稅局查核發現甲公司94及95年度雖分別申報研發支出200萬元及300萬元，二年度的平均數為250萬元；惟94年度經該局核定後為0元，並無研發支出；因此，甲公司96年度研發支出就無超過部分按50﹪抵減稅額之適用，國稅局最後核定其96年度研發支出可抵減稅額為150萬元（500萬×30﹪），補徵稅額50萬元。
該局最後提醒營利事業應注意相關規定，以免遭剔除補稅。
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