莫拉克颱風造成個人及營利事業極大的損失，如公司購置之自動化設備經核准適用投資抵減者，嗣後如發生風災而報廢，且經稽徵機關勘查屬實者，其尚未抵減之餘額，仍得於規定期間內繼續抵減。
財政部臺灣省南區國稅局台南市分局表示，公司申請投資抵減之設備，於交貨之次日起三年內轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、失竊、報廢或經他人依法回收者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自當年度所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依中華郵政股份有限公司一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收，且不得以其他尚未抵減之投資抵減稅額抵減該應補繳之稅款。但報廢係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，不在此限。
營利事業如有前述投資抵減設備報廢情事，應於本次莫拉克風災發生後三個月內檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查。
國稅局呼籲營利事業，如有上述報廢情事，務必於辦理營利事業所得稅結算申報時，檢附相關資料申報抵稅，以確保自身之權益。
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