財政部賦稅署表示，公司發放予研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員員工分紅及以公司權益商品價格基礎之給付方式（如發行員工認股權憑證、現金增資保留部分股份供員工認購、買回庫藏股轉讓予員工等）獎酬員工，如屬營利事業所得稅查核準則第71條規定之薪資支出者，可以各年度實際發放或員工實際執行數額適用研究與發展支出投資抵減。
財政部賦稅署說明，按「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款規定，公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員薪資得列為研究與發展支出。員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工獎酬制度，為公司吸引及留任產業發展所需人才所支付之對價，如屬研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員所為之獎酬且依營利事業所得稅查核準則第71條規定得認列為薪資支出者，可依前述規定適用研究與發展支出投資抵減。
關於適用投資抵減之年度與金額，財政部賦稅署表示，因為員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工獎酬，於費用認列後，尚會發生因實際分紅金額變動、認股權憑證之內含價值變動、認股條件未符合而沒收或既得權利過期失效等狀況，會計帳務須按估計變動處理。為避免增加適用投資抵減之複雜度及後續稽徵問題，前述員工獎酬應於金額確定時（實際發放或員工實際執行時），以各年度實際發放或員工實際執行數額適用研究與發展支出投資抵減。至於抵減金額之計算，仍應按員工於費用認列當年度或於既得期間從事研究與發展工作之情形予以辨認，故員工分紅應按費用認列當年度員工實際從事研究與發展工作之月份比例計算，公司權益商品價格基礎之給付則應按員工於既得期間實際從事研究與發展工作之月份占既得期間月份比例計算。
