據報載指出台南縣31鄉鎮公所對納骨塔課徵營業稅不能認同，指稱有營收不代表賺錢，且因借貸公共造產經費，按期攤還本金與利息，恐造成虧損仍得繳稅的情況，並不公平。
南區國稅局表示，「有關政府機關銷售貨物或勞務之銷售收入，如係編列單位預算，該收入全數解繳公庫者，可免徵營業稅，如係編列附屬單位預算或基金預算，該收入並未全數解繳公庫，仍應依法課徵營業稅。政府機關公共造產基金，所收取之清潔維護費，除符合規費法之規費外，請依上開原則辦理。另有關政府機關以公共造產興辦納骨堂事業，仍應依上開原則認定徵免營業稅。至其是否屬規費法之規費性質，仍須視各政府機關之實際辦理情形，事實認定」為財政部93年10月11日台財稅字第09304551080函釋。
該局表示，有關台南縣各鄉鎮經營公共造產納骨塔收入課徵營業稅，因營業稅係屬消費稅性質，政府機關銷售貨物或勞務之定價，應內含營業稅，該營業稅係由買受人負擔。政府機關雖為納稅義務人，但僅係代徵人性質，相關稅負實際上將轉由貨物或勞務之買受人負擔，故公共造產納骨塔收入課徵營業稅，尚不致對各鄉鎮市公所之財政有所影響。且依上揭規定政府機關經營公共造產納骨塔收入，如係編列附屬單位預算或基金預算，該收入並未全數解繳公庫，則應依法課徵營業稅，如係依規費法徵收，則非屬營業稅課稅範圍。
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