政府為鼓勵公司從事研究與發展，以促進產業升級，提升國際競爭力，訂有租稅優惠措施，公司之研發支出符合規定者，即可依抵減率計算抵減稅額，享受抵稅之優惠。
南區國稅局表示，公司申報研發投抵支出時，對於專供研究發展單位研究用全新儀器設備，及專為研究發展購買之經規格化、商品化之套裝軟體，雖均可適用投資抵減，惟抵減範圍並不相同，因其分別適用公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第2條第1項第4款及第6款之規定。簡言之，公司購買專供研究發展單位研究用之全新儀器設備，其購置成本可於當年度全數申報研發投抵支出，但若購買經規格化、商品化之套裝軟體專為研究用，則係以當年度攤折額度申報研發投抵支出，不得以購置成本全額列報。
該局進一步表示，近來查獲轄內某公司，申報96年度研發投抵支出2千萬餘元，其中屬抵減辦法第2條第1項第4款之全新儀器設備成本共計6百萬元，該局審核其明細及相關憑證，發現其中4百萬元並非購置儀器設備，而係購置規格化之套裝軟體，依抵減辦法第2條第1項第6款規定，應以當年度攤折費用認列，依公司合理估計之經濟效益期限5年攤折，於當年度攤折費用僅80萬元，餘320萬元遭剔除補稅。
南區國稅局特別提醒納稅義務人，租稅優惠措施係政府為促進產業升級，提升國際競爭力所訂之獎勵，公司申報適用時，應注意是否符合法令規範，以維護自身權益。
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