專營應稅貨物或勞務且依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第4章第1節規定計算稅額之營業人進口貨物完納稅費後，嗣經海關核准退還其他進口稅費，致有溢繳營業稅案件，應由原進口地之海關核實退還。
財政部表示，現行進口貨物，除合於免稅規定者外，一律於進口時由海關代徵營業稅，故營業人進口貨物發生短徵、溢徵或短退、溢退之營業稅，亦應由海關辦理徵、退稅事宜。惟「海關代徵營業稅稽徵作業手冊」?、十四但書將專營應稅貨物或勞務且按營業稅法第4章第1節計算稅額之營業人進口貨物溢繳營業稅案件，排除於由原進口地海關辦理退稅之範圍，造成該等營業人需另向稽徵機關申請退稅之困擾。基於作業一致性及簡政便民原則，進口貨物營業稅之徵收或退稅，宜由同一機關處理，爰刪除上開作業手冊?、十四但書規定，亦即所有營業人進口貨物發生短徵、溢徵或短退、溢退之營業稅，均應由海關一併辦理徵、退稅事宜。
該部特別提醒營業人，海關核退進口貨物溢繳之營業稅額，屬進項稅額之減少。因此，加值型營業人如已持憑海關代徵營業稅繳納證扣抵聯申報扣抵銷項稅額後，始經海關核退同筆進口貨物溢繳之營業稅額者，營業人應依該部92年1月10日台財稅字第0910456851號令規定於發生退稅當期申報扣減營業稅進項稅額，如漏未申報，則形同虛報進項稅額，一經查獲，將依營業稅法第51條規定追補稅款並處以罰鍰。
此外，該部進一步補充說明，該部92年8月4日台財稅字第0920454034號函釋有關進口貨物未經使用即報關退運出口如何申請辦理退還營業稅之程序，因涉及上開作業手冊?、十四但書規定之適用，故配合該但書刪除，該部同時廢止該函，另以98年11月18日台財稅字第09804546160號令釋重新規範，以利徵納雙方遵循。
