財政部臺灣省南區國稅局表示，營利事業因政府舉辦公共工程或市地重劃，依拆遷補償辦法規定領取之各項補償費應列為其他收入，其必要成本及相關費用准予一併核實認定。
舉例而言，甲公司87年度自市政府領取地上物拆遷補償款二百多萬元，並於辦理87年度營利事業所得稅結算申報時，將該金額列報於該年度之非營業收入項下申報納稅，嗣後以該筆補償款係屬損害補償，應為免稅所得為由，主張其併入課稅所得納稅核屬適用法令錯誤，申請更正，並要求退還繳納稅款；惟經國稅局以所核無誤駁回其申請。甲公司不服，循序提起行政訴訟，最後經最高行政法院判決甲公司敗訴。
上開最高行政法院判決內容略以：營利事業因政府舉辦公共工程或市地重劃，依拆遷補償辦法規定領取之各項補償費，雖屬損害補償，但非屬所得稅法第4條規定免納所得稅之所得，是無上述免稅條款之適用；且營利事業依規定應保持足以正確計算所得額之帳簿憑證及會計紀錄，從而其各項收入、成本、費用均可核實計算依法課稅，是甲公司取得該筆補償款之各項成本、費用依法均可悉數核實認列，其對領取之補償款，自應列報為收入，申報繳納所得稅，始符合收入、成本、費用配合及依法課稅之原則。
該局特別提醒，營利事業切勿誤解政府核發之上述補償費性質，而遺漏申報所得課稅，以免被補稅及受罰。
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