財政部近日將核釋獨資、合夥組織之營利事業，對於稽徵機關核定之營利事業所得額如有不服，應於收到營利事業所得稅核定通知書30日內，申請復查。
財政部表示，87年實施兩稅合一制度後，免用統一發票之小規模營利事業，其盈餘總額由稽徵機關核定後直接歸併資本主或合夥人之綜合所得總額，免繳納營利事業階段之營利事業所得稅額；非屬小規模營利事業之獨資、合夥組織，必須先辦理結算、決算或清算申報，並繳納營利事業所得稅稅款後，將資本主或合夥人之盈餘總額及所含之可扣抵稅額，於綜合所得稅階段計算退、補稅。惟經統計非屬小規模之獨資、合夥事業所繳納之營利事業所得稅，約有84.24％於歸課資本主或合夥人綜合所得稅時退還，增加徵納雙方繁複之稅務行政作業。行政院賦稅改革委員會爰決議簡化稅務行政作業，仍維持非屬小規模營利事業之獨資、合夥組織辦理結算、決算及清算申報及核定其所得額之作業方式，惟免先行繳納營利事業所得稅，直接將申報或核定之營利所得歸課資本主或合夥人，以解決先繳後退之問題，財政部並配合修正所得稅法部分條文，經總統於98年5月27日修正公布。
至於所得稅法修正後，獨資、合夥組織之營利事業申請復查之權益是否會受影響乙節，依現行所得稅法第3條規定，凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定課徵營利事業所得稅。同法第110條第4項規定，當獨資、合夥組織之營利事業經稽徵機關調查發現有短漏報營利事業所得額時，應就核定短漏之課稅所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，依規定倍數處罰。是以，在現行營利事業所得稅制下，前揭所得稅法部分條文修正僅係將非屬小規模營利事業之獨資、合夥組織，其稅捐債務整併至資本主或合夥人之綜合所得稅階段，以簡化稽徵作業程序，並未改變該等營利事業仍為課稅主體之實質，故稽徵機關核定該等營利事業申報之營利事業所得額並核發無應納營利事業所得稅之核定通知書，仍係獨立之稅捐核定行政處分。非屬小規模營利事業之獨資、合夥組織對於該處分如有不服，依稅捐稽徵法第35條第1項第2款規定，得於核定通知書送達後30日內申請復查。
財政部指出，獨資、合夥組織之營利事業未依規定期限辦理營利事業所得稅結算、當期決算或清算申報，經稽徵機關依法核定其營利事業所得額者，亦得依上開稅捐稽徵法規定，於核定通知書送達後30日內申請復查。
