財政部臺北市國稅局表示，自98年6月12日起，大眾運輸事業領受政府補貼偏遠路線營運虧損之收入及油價價差之收入，非屬營業稅課稅範圍。
該局說明，98年6月12日司法院釋字第661號解釋，汽車及船舶客運業其因行駛偏遠或服務性路線，致營運量不足發生虧損，所領受政府按行車（船）次數及里（浬）程計算核發之補貼收入，係交通主管機關為促進大眾運輸發展之公共利益，對行駛偏遠或服務性路線之交通事業，彌補其客票收入不敷營運成本之虧損，所為之行政給付，受補助之交通事業，並無銷售勞務予交通主管機關之情事，故該等補助款不屬於營業稅課稅範圍。財政部86年4月9日台財稅第861892311號函就該補貼收入課以營業稅納稅義務，應不予適用。
該局指出，因應前揭司法院釋字第661號解釋，財政部98年9月18日台財稅字第09804076320號令明釋，自98年6月12日起，大眾運輸事業領受政府補貼偏遠路線營運虧損之收入及油價價差之收入，非屬營業稅課稅範圍。又相關財政部釋示函令，即財政部86年4月9日台財稅第861892311號函、93年3月2日台財稅字第0930008697號函、93年4月21日台財稅字第0930450919號函及98年5月22日台財稅字第09804539700號函說明二，均自98年6月12日起廢止。
該局進一步表示，依前揭財政部98年9月18日令規定，自98年6月12日起，大眾運輸事業領受政府補貼偏遠路線營運虧損及油價價差之收入不再課徵營業稅。而98年6月12日前，已依前揭財政部86年4月9日函、93年3月2日函、93年4月21日函及98年5月22日函說明二規定報繳營業稅之案件，除未核課確定及據以申請司法院解釋之案件外，尚不得主張適用司法院釋字第661號解釋，申請退還已繳納之營業稅。
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