財政部表示，報載產業創新條例草案營運總部租稅優惠，其中有關「全球國際級跨國企業」在我國設立營運總部適用營利事業所得稅率15%，相關營利事業之租稅利益預計超過60億元乙節，與事實不盡相符。
財政部說明，有關產業創新條例草案立法院經濟委員會審議通過營運總部條文，經過多次溝通，初步擬於原行政院版第29條條文外，增訂第30條「全球國際級跨國企業」(須為全球排名500大企業)在我國設立營運總部租稅優惠，除可適用原行政院版第29條「對國外關係企業提供管理服務或研究開發之所得」、「自國外關係企業獲取之權利金所得」及「投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益」免徵營利事業所得稅優惠外，其營利事業所得稅稅率為15%，但不得適用產業創新條例草案其他租稅優惠規定(包括研究與發展支出投資抵減、人才培訓支出投資抵減及國際物流配銷中心免稅)。上開條文仍待朝野黨團協商通過後，送請立法院院會進行二、三讀。
財政部指出，前述報載「全球國際級跨國企業」營運總部之租稅利益預計超過60億元乙節，由於本案尚未完成立法程序，相關適用要件亦尚未訂定，報載係逕行假設適用要件及推測適用公司，且其估算並未考量該等營運總部不得享有產業創新條例草案有關研究與發展、人才培訓支出投資抵減等因素，致有所高估。復產業創新條例草案4項租稅優惠，其應具備之規模、適用範圍等均於條文中明定授權行政部門(各中央目的事業主管機關或中央主管機關)會同該部定之。因此有關「全球國際級跨國企業」之適用營利事業家數，將視子法規所訂定要件而定，非如外界所斷言推測。倘該草案條文經三讀通過，財政部當與經濟部審慎研擬適用要件，俾所適用之營運總部確能大幅帶動我國經濟成長、提升國家競爭力及兼顧財政健全。
