依98年1月21日修正公布稅捐稽徵法第28條規定，納稅義務人因可歸責於稅捐稽徵機關或其他政府機關錯誤而溢繳之稅款，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起2年內查明退還，其退還之稅款不以5年內溢繳者為限。為使該條修正施行前，因政府機關錯誤致溢繳稅款之案件，亦能依修正後退稅期限由稅捐稽徵機關退還稅款，以保障納稅義務人權益，並訂有相關追溯適用之規定。
財政部表示，為落實保障納稅義務人權益，上開條文修正施行後，立即函請各稅捐稽徵機關確實依該規定辦理，依據各稅捐稽徵機關查復，截至98年12月31日，地方稅部分業依上開規定辦理退稅6,771件、退稅金額約新臺幣（下同）2億4千萬元、加計利息約1億50萬元，國稅部分辦理退稅51件、退稅金額約849萬元、加計利息約130萬元，稅捐稽徵機關合計已辦理6,822件退稅案件，所退還稅額約2億5千萬元、利息約1億180萬元、總計約3億5千萬元。其中常見可歸責於稅捐稽徵機關或其他政府機關錯誤之情形，例如稅捐稽徵機關依據地政或監理機關登記錯誤之資料核課、或相關主管機關未及時通報更新資料致核課錯誤、或適用稅率錯誤等。
財政部表示，透過上開修正條文，可疏減訟源、促進徵納雙方和諧，更能督促各政府機關對於人民權益相關事項，在認事用法時更加審慎，俾依法核課稽徵，維護納稅義務人權益。
