財政部表示：自98年6月12日起，大眾運輸事業領受政府補貼偏遠路線營運虧損及油價價差之收入，依該部98年9月18日台財稅字第09804076320號令規定，非屬營業稅課稅範圍，其所書立之收據，應依印花稅法第5條第2款規定貼用印花稅票。
財政部說明，該部86年4月9日台財稅第861892311號函釋，汽車及船舶客運業領受政府按行車（船）次數及里（浬）程計算核發之補貼收入，係基於提供運輸勞務而產生，核屬具有客票收入性質，並於同年6月14日台財稅第861901831號函釋規定，業者領取上開具有客票收入性質之補貼款所書立之收據，依印花稅法第6條第6款規定，免納印花稅。惟上開86年4月9日函經司法院98年6月12日釋字第661號解釋宣告違憲不予適用，該部鑒於營業人因配合政府政策或國內外情勢變更產生營運虧損而領受之政府補助款，因與載客數量無涉，客運業者縱未載客，仍須依政府政策經營偏遠路線，以維持大眾運輸服務，爰於98年9月18日以台財稅字第09804076320號令重新核釋，該類補助款非屬銷售勞務之代價，自98年6月12日起，核非屬營業稅課稅範圍。
財政部指出，該部上開98年9月18日令已明確解釋，自98年6月12日起，大眾運輸業者領受該類政府補助款之性質，已由「銷售勞務」變更為「非屬銷售勞務」，大眾運輸業者領取上開補助款時，原應開立統一發票，亦已改為書立收據，爰於今日發布解釋令，規定該類銀錢收據並不具營業發票性質，應依印花稅法第5條第2款前段規定，貼用印花稅票，並廢止該部86年6月14日台財稅第861901831號函。
財政部進一步表示，上開98年令釋規定，係屬法令見解之變更，尚非可歸責於納稅義務人，因此，對於98年6月12日至98年9月18日（即該部台財稅字第09804076320號令發布日）以前書立之該類憑證如未貼用印花稅票者，准予補稅免罰；另對於上開期間所領取之上述補助款已開立統一發票者，因統一發票係屬兼具銀錢收據性質之營業發票，依印花稅法第5條第2款但書規定免納印花稅，故尚無補徵印花稅問題。
