99年新規定及常見疏失情形
收入
一、 自99年1月1日起，營利事業持有之短期票券利息所得、依金融資產證券化 條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券，所獲配之利息所得，暨依所得稅法第24條之1第4項規定以債(票)券或證券化商品從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息所得，應計入營利事業所得課稅。惟短期票券發票日在98年12月31日以前者，仍採分離課稅。
二、 短漏報保險理賠、補助款、銀行利息收入、海關退稅及領回未支付員工退休金或資遺費之退休金準備等。
三、 誤將應稅之國外證券交易所得列為停徵之證券交易所得。
四、 小規模營利事業於年度中途改為使用統一發票商號，漏未申報其屬小規模營利事期間查定課徵之銷售額。
費用及成本
一、 自99年7月1日起營利事業依勞工退休金條例第13條第１項規定，就其勞工選擇適用勞動基準法退休制度與保留適用勞工退休金條例前工作年資，繼續依勞動基準法第56條第1項規定提撥之退休準備金，提撥或提繳之退休(準備)金得以費用列支，但以當年度已付薪資總額15％為限。
二、 列報駐外人員薪資、旅費、保險費、伙食費等費用，未能提示從事與營業有關活動之證明文件，亦未列報相對收入，不符收入費用配合原則。
三、 購買百貨公司之商品禮券列報營業費用，雖取具合法憑證，惟未能證明與業務有關。
四、 帳上有累積虧損尚未依規定彌補，列報對政黨、政治團體及擬參選人之捐贈費用。
五、 呆帳損失：
1.存證函寄送地址非營利事業倒閉或他遷不明前之確實營業地址。
2.債務人居住國外，未取得債務人所在地主管機關核發債務人倒閉、逃匿前確實營業地址之證明文件及我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明。
3.列報未滿2年經催收後未收取本金及利息之債權。
六、 免稅所得成本費用分攤：
土地交易所得、證券交易所得、期貨交易所得、股利淨額或盈餘淨額等免稅或停止課徵所得稅或不計入所得稅課稅之免稅所得，未依規定合理分攤相關成本、費用或損失。
七、 購入非屬固定資產土地之借款利息，誤列當期費用，應列遞延費用。
機器設備投資抵減
一、 申報抵減所得稅之設備或技術於交貨之次日起3年內轉借、出售或轉售。
二、 儀器設備應以使用單位及用途來決定適用之投抵方案，專供研發單位使用，即應適用研發投抵，不得重複適用自動化設備投抵。
最低稅負
辦理結算申辦時，已申報減除依法律規定之投資抵減稅額，但漏未申報基本所得額及基本 稅額，經稽徵機關調查後始申請更正調減已申報之投資抵減稅額者，仍應依所得基本稅 額條例第15條第2項規定處罰。
股東可扣抵稅額帳戶
一、 辦理結算申報已接獲上年度之核定通知書，惟本期申報之股東可扣抵稅額期初餘額，未調整至與上年度核定之股東可扣抵稅額期末餘額相符，致造成短、溢分配可扣抵稅額之情形。
二、 經稽徵機關調查核定減少之應納營利事業所得稅，應於核定退稅通知書送達日，自股東可扣抵稅額帳戶中減除。
三、 公司依公司法或證券交易法第28條之2規定購買庫藏股票於轉讓或註銷時之損失，依財務會計準則公報第30號規定沖抵保留盈餘時，如有由87年度以後年度之累積未分配盈餘充抵者，該充抵之未分配盈餘所含之可扣抵稅額，疏忽未自當年股東可扣抵稅額帳户餘額中減除。
未分配盈餘
一、 「彌補以往年度之虧損」係指營利事業以當年度之未分配盈餘實際彌補其截至上一年度決算日止，依商業會計法規定處理之累積虧損數額，非僅限87年度以後之虧損。
二、 公司分派員工紅利及董監事酬勞金，不再列為ARE及ICA減項。
三、 營所稅經查獲短、漏報課稅所得額時，同年度之ARE之稅後純益，應一併申報。