營利事業符合所得稅法第39條規定，得將經稽徵機關核定之前5年（98.1.21修正為10年）內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課者，其申請扣除之順序，應自虧損之次一年度逐年順序扣除，惟經核准適用原獎勵投資條例或促進產業升級條例中有關得抵減應納營利事業所得稅額之事業，已依所得稅法第39條規定順序申請扣除虧損，再適用抵減應納營利事業所得稅額規定，以致損失該營利事業抵減權益時，得保留在以後年度申請扣除虧損，但仍應該在「稽徵機關核定前5年（98.1.21修正為10年）內各期虧損」之限額內申請扣除。
(財政部84.1.28台財稅第841604261號函)
(財政部84.1.28台財稅第841604261號函)