夫妻分居而無法合併申報時，可分別填報申報書，並載明配偶姓名、統一證號（或稅籍編號）、身分證統一編號（如有中華民國身分證者）、居留地址等資料，並註明已分居，以便國稅局據以通報歸戶課稅。歸戶合併後的全部應納稅額，可申請分別開單，按個人之應納稅額占夫及妻應納稅額合計數之比率計算各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。如夫妻分開申報而未於申報書寫明配偶關係，致稽徵機關無法歸戶其所得合併課稅者，會被稽徵機關依所得稅法第110條第1項歸戶補稅送罰。其漏稅額計算，以夫妻合併課徵計算之應納稅額，減除夫妻分開申報各自計算之應納稅額之和後之差額認定。
（財政部69年4月30日台財稅第33449號）
（財政部98年9月14日台財稅字第09804558680號）
（財政部69年4月30日台財稅第33449號）
（財政部98年9月14日台財稅字第09804558680號）