為便利納稅義務人繳納稅款，有下列 6 種繳納方式：
1.現金繳稅：
（1）代收稅款金融機構繳稅（郵局不代收）：請至財政部稅務入口網【https://www.etax.nat.gov.tw】自行登錄列印附條碼繳款書，或至稽徵機關索取空白繳款書並填妥自行繳納稅額，向代收稅款金融機構繳納稅款後，將繳款書證明聯附於申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
（2）便利商店繳稅：應繳納稅額2萬元以下者，可至財政部稅務入口網(http://www.etax.nat.gov.tw)自行登錄列印附條碼之繳款書，向統一（7-11）、全家、萊爾富、來來(OK)等便利商店繳納後，將繳款書證明聯附於綜合所得稅申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
2.繳稅取款委託書繳稅：可利用納稅義務人、配偶、申報受扶養親屬其中一人在郵局之存簿儲金、劃撥儲金或金融機構（包括銀行、信用合作社、農會信用部等）之支票存款、活期存款、活期儲蓄存款、綜合存款或在外商銀行開立之新臺幣存款帳戶，依式填寫繳稅取款委託書（非金融機構取款條）並蓋妥存款印鑑章（如原存款簽名者請簽名），以法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日為提款日，並預留存款以備提兌。但採用網路申報者，僅限以納稅義務人或配偶之金融機構或郵局存款帳戶委託轉帳繳納稅款。採用網路或二維條碼申報者，免再填寫繳款書及繳稅取款委託書。
3.ATM自動櫃員機繳稅：納稅義務人於申報期間內可利用金融機構或郵局貼有「跨行：提款＋轉帳＋繳稅」標籤之自動櫃員機繳納，免填繳款書，惟應將自動櫃員機轉帳繳納交易明細表附於綜合所得稅申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
4.晶片金融卡網際網路繳稅：可利用本人或他人參與晶片金融卡網際網路繳稅作業之金融機構所核發的晶片金融卡，安裝讀卡機（與自然人憑證讀卡機同），透過綜合所得稅電子結算申報繳稅系統或至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)即時轉帳繳稅。
5.信用卡繳稅：限以納稅義務人或配偶名義持有之信用卡（僅能使用1張信用卡）辦理，透過電話語音【7碼或8碼及金門地區412-1111或412-6666；電話號碼6碼地區者為411-111或416-666；外島（除金門地區外）、國內行動電話或就地之電話語音代表門號線路壅塞請撥02（或04或07）412-1111或412-6666；國外地區請撥886-2（或4或7）412-1111或886-2（或4或7）412-6666。服務代碼166）】或網際網路（https://paytax.nat.gov.tw）輸入持卡人信用卡卡號及有效期限、身分證統一編號、應自繳稅額，取得發卡機構核發之授權號碼。本項繳稅方式手續費由納稅人自行負擔，收費標準請洽各發卡銀行。
（1）人工申報案件將授權號碼填載於結算申報書，二維條碼申報案件鍵入於申報軟體，網際網路申報案件經由報稅網站檢核已取得的授權資料或線上取得授權。
（2）如透過電話語音或網際網路無法取得授權時，得於營業時間內逕洽發卡機構以人工授權方式取得授權號碼。
（3）取得授權後，即完成以信用卡繳稅作業，如繳稅金額或納稅義務人有變動，納稅義務人可於法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日前，於營業時間內向發卡機構申請取消授權，並於次一營業日透過電話語音或網際網路查詢確認授權已取消；惟納稅義務人於法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日前，仍得再次申請授權以信用卡繳稅。如無法重新取得授權，請改以其他方式繳納稅款。
6.票據(請先向金融機構辦妥票據交換手續)：請至財政部稅務入口網【https://www.etax.nat.gov.tw】自行登錄列印附有條碼之繳款書，或至稽徵機關索取並填妥自行繳納稅額繳款書，併同票據向金融機構辦理票據交換（票據正面受款人處請填註「限繳稅款」，且發票日應未逾申報期限；又票據發票人如非納稅義務人時，納稅義務人應於票據背面背書），於申報時應檢附已向金融機構提出票據交換的繳款書證明聯。
1.現金繳稅：
（1）代收稅款金融機構繳稅（郵局不代收）：請至財政部稅務入口網【https://www.etax.nat.gov.tw】自行登錄列印附條碼繳款書，或至稽徵機關索取空白繳款書並填妥自行繳納稅額，向代收稅款金融機構繳納稅款後，將繳款書證明聯附於申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
（2）便利商店繳稅：應繳納稅額2萬元以下者，可至財政部稅務入口網(http://www.etax.nat.gov.tw)自行登錄列印附條碼之繳款書，向統一（7-11）、全家、萊爾富、來來(OK)等便利商店繳納後，將繳款書證明聯附於綜合所得稅申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
2.繳稅取款委託書繳稅：可利用納稅義務人、配偶、申報受扶養親屬其中一人在郵局之存簿儲金、劃撥儲金或金融機構（包括銀行、信用合作社、農會信用部等）之支票存款、活期存款、活期儲蓄存款、綜合存款或在外商銀行開立之新臺幣存款帳戶，依式填寫繳稅取款委託書（非金融機構取款條）並蓋妥存款印鑑章（如原存款簽名者請簽名），以法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日為提款日，並預留存款以備提兌。但採用網路申報者，僅限以納稅義務人或配偶之金融機構或郵局存款帳戶委託轉帳繳納稅款。採用網路或二維條碼申報者，免再填寫繳款書及繳稅取款委託書。
3.ATM自動櫃員機繳稅：納稅義務人於申報期間內可利用金融機構或郵局貼有「跨行：提款＋轉帳＋繳稅」標籤之自動櫃員機繳納，免填繳款書，惟應將自動櫃員機轉帳繳納交易明細表附於綜合所得稅申報書（採網路申報者免檢附），辦理申報。
4.晶片金融卡網際網路繳稅：可利用本人或他人參與晶片金融卡網際網路繳稅作業之金融機構所核發的晶片金融卡，安裝讀卡機（與自然人憑證讀卡機同），透過綜合所得稅電子結算申報繳稅系統或至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)即時轉帳繳稅。
5.信用卡繳稅：限以納稅義務人或配偶名義持有之信用卡（僅能使用1張信用卡）辦理，透過電話語音【7碼或8碼及金門地區412-1111或412-6666；電話號碼6碼地區者為411-111或416-666；外島（除金門地區外）、國內行動電話或就地之電話語音代表門號線路壅塞請撥02（或04或07）412-1111或412-6666；國外地區請撥886-2（或4或7）412-1111或886-2（或4或7）412-6666。服務代碼166）】或網際網路（https://paytax.nat.gov.tw）輸入持卡人信用卡卡號及有效期限、身分證統一編號、應自繳稅額，取得發卡機構核發之授權號碼。本項繳稅方式手續費由納稅人自行負擔，收費標準請洽各發卡銀行。
（1）人工申報案件將授權號碼填載於結算申報書，二維條碼申報案件鍵入於申報軟體，網際網路申報案件經由報稅網站檢核已取得的授權資料或線上取得授權。
（2）如透過電話語音或網際網路無法取得授權時，得於營業時間內逕洽發卡機構以人工授權方式取得授權號碼。
（3）取得授權後，即完成以信用卡繳稅作業，如繳稅金額或納稅義務人有變動，納稅義務人可於法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日前，於營業時間內向發卡機構申請取消授權，並於次一營業日透過電話語音或網際網路查詢確認授權已取消；惟納稅義務人於法定結算申報截止日（5月31日）或依法展延結算申報截止日前，仍得再次申請授權以信用卡繳稅。如無法重新取得授權，請改以其他方式繳納稅款。
6.票據(請先向金融機構辦妥票據交換手續)：請至財政部稅務入口網【https://www.etax.nat.gov.tw】自行登錄列印附有條碼之繳款書，或至稽徵機關索取並填妥自行繳納稅額繳款書，併同票據向金融機構辦理票據交換（票據正面受款人處請填註「限繳稅款」，且發票日應未逾申報期限；又票據發票人如非納稅義務人時，納稅義務人應於票據背面背書），於申報時應檢附已向金融機構提出票據交換的繳款書證明聯。