財政部臺灣省南區國稅局表示，98年5月27日已修正公布所得稅法第71條第2項，規定獨資及合夥組織之營利事業，於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，僅就營利事業所得申報即可，不用再計算及繳納其應納之營利事業所得稅額，而直接由獨資資本主及合夥組織合夥人將該筆應分配之營利事業所得，於辦理98年度綜合所得稅結算申報時，列報為個人之營利所得課徵綜合所得稅。又如有當期各類所得之扣繳稅額，亦可按出資比例計算，自應納之綜合所得稅額中減除。
該局進一步說明，若該獨資資本主及合夥組織合夥人為不須辦理綜合所得稅結算申報之非中華民國境內居住之個人時，該筆應分配之營利事業所得額，應由事業負責人即扣繳義務人，於結算申報截止日(即99年5月31日)以前，依20%扣繳率扣取稅款，並於代扣稅款之日起10日內繳納並申報扣繳憑單，以作為繳納稅款之證明。
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