財政部臺灣省南區國稅局表示，為配合現行兩稅合一制度並簡化徵納雙方作業，財政部規定，將俗稱大店戶之獨資、合夥組織之營利事業，於辦理結算申報或決算、清算申報時，暫免計算及繳納營利事業所得稅應納稅額，而改將其營利事業所得額直接歸課中華民國境內居住之獨資資本主或合夥組織合夥人綜合所得稅。
該局進一步說明：有關獨資及合夥組織營利事業當期各類所得額所含之扣繳稅額應如何申報減除或退還之相關配套措施，財政部亦規定，獨資、合夥組織之營利事業辦理結算、決算或清算申報，如有當期各類所得之扣繳稅額，得由獨資資本主或合夥組織合夥人按出資比例計算，於辦理同年度綜合所得稅結算申報時，自應納稅額中減除。但依法不併計課稅之所得（如分離課稅之短期票券利息）之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，因該所得不併計營利事業所得課稅，其所含之扣繳稅款及可扣抵稅額，不得減除。
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彙總編號：99041501
