財政部表示，新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第2條及第3條，業修正提高適用研究與發展支出之門檻，並刪除同辦法第17條第2項，適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額2%之相關規定；「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」，爰有配合修正之必要，本次修正重點摘述如下：
一、修正獨立計算免稅所得相關營業費用之分攤方式，以符實際；並將非營業收入及非營業損失之分攤方式一併規範，以利遵循。(第4點)
二、參照以資本額及購置設備方式適用新興重要策略性產業5年免稅租稅獎勵之公司免稅所得計算公式之機器設備比率，增訂公司以研究與發展支出金額或比率方式適用同一獎勵者之研究與發展支出比率為「當年度研究與發展支出占當年度營業費用及損失總額比率÷10%」，俾使兩者免稅所得之計算結果趨於衡平，以維公平。另為避免發生公司以新訂公式較現行公式(當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率÷2%)不利之情形，爰規定得就該二公式擇一適用。(第8點)
三、增訂技術服務業以外之其他產業於同一年度同時出售「以投資計畫之產品製造非投資計畫之最終產品」及「單獨出售投資計畫產品」，其依投資計畫之產品耗用成本占製成品成本比率計算之投資計畫產品收入，大於按單獨出售投資計畫產品方式計算之收入者時之免稅收入認定方式。(第11點及第12點)
四、增訂公司購置模具、檢具、夾具及治具適用免稅所得計算公式之規定；另將因不可抗力災害而報廢之機器、設備、主體建築(物)等，修訂為應依所得稅法施行細則第10條之1規定辦理。(第13點)
五、增訂投資計畫產品(勞務)產製(提供)過程中，因勞務或人力需求委託人力派遣業者派遣人員，符合相關規定者，要派機關支付人力派遣業者之費用，不計入委外加工比率之分子。(第14點)
財政部同時說明「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」生效後之適用規定：
一、適用95年1月1日以後修正發布之新興重要策略性產業屬於製造業、農業、電影工業數位化後製作及國際物流事業部分獎勵辦法之公司，依本次修正後要點計算免稅所得。
二、上開公司，97年度及以前年度之營利事業所得稅結算申報案件，依財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」第8點規定計算免稅所得者，得於財政部99年5月10日台財稅字第09904519470號令發布之日起3個月內向該管稽徵機關申請改按修正後要點計算其免稅所得，其因而有應補或應退稅額，免予加計利息。
