政府為促進產業升級，健全經濟發展，並提高國際競爭力，對於公司之研究發展及人才培訓支出，訂有租稅減免之優惠措施。惟為避免重複獎勵，對於辦理營利事業所得稅結算申報時，有向各級政府機構申請研究補助所取得之補助款，除應列為其他收入外，尚須自所列報之研究發展及人才培訓支出項下減除。
南區國稅局表示，依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第7條明定，公司適用投資抵減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，不包括政府補助款在內；換言之，公司參加或從事配合各級政府機構研究計畫之支出，得按該辦法第2條各款規定分別適用投資抵減，惟公司因參加該專案而自各級政府機構領取之補助款，不適用投資抵減。
該局日前查核轄內甲公司97年度營利事業所得稅結算申報案，發現列報研究發展支出1,500餘萬元，並申請適用投資抵減，甲公司於當年度有取得科學工業園區管理局給付之補助款200餘萬元，雖然其已按規定將補助款列報為其他收入，但該筆補助款並未自所列報投資抵減之研究發展支出中扣除，因此，該局乃依規定扣除該筆政府補助款200餘萬元，核定適用投資抵減之研究發展支出為1,300萬元，可抵減稅額為300餘萬元，並補徵稅款。
南區國稅局特別呼籲，公司申報研究發展及人才培訓支出適用投資抵減時，應特別注意如有取得政府之相關補助款，除列入其他收入外，尚須自研究發展及人才培訓支出項下減除，以免與規定不符，而遭剔除補稅。
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