財政部表示，為簡政便民，並配合菸酒稅法、所得稅法施行細則等規定，該部修正菸酒稅稽徵規則部分條文，業經行政院核定，並於99年6月17日發布施行。
財政部說明，菸酒稅稽徵規則總計41條，本次修正5條，修正重點如下：
一、配合法律優位原則及法制作業
現行條文第2條有關本規則與其他法規之適用順序，應依菸酒稅法與其他法規之適用關係而定，毋庸於本規則中規範，爰予刪除。（修正條文第2條）
二、基於便民及稅務行政ㄧ致性
所得稅法施行細則對於不可抗力災害損失之扣除報請該管稽徵機關派員勘查之期限，已由災害發生後15日內放寬為30日內，衡酌同一災害事實之報備期限宜予一致，以便利納稅義務人申請，已稅菸酒遇火焚毀或落水沉沒及其他人力不可抵抗之災害，以致該菸酒消滅者，向主管稽徵機關申請報備之期限，由現行災害發生後15日內修正放寬為30日內。（修正條文第39條）
三、配合菸酒稅法修正
1.現行條文第13條第2項後段及第18條第2項中有關菸品健康福利捐之徵收、納稅義務人、免稅、退稅及稽徵，準用菸酒稅法有關菸酒稅之規定，業於菸酒稅法第22條之1規範，無重複規定之必要，併予刪除。（修正條文第13條及第18條）
2.配合菸酒稅法第6條第4款規定，修正已稅菸酒品質不合政府規定標準者辦理銷毀及退稅之程序。（修正條文第37條）
財政部另表示，依菸酒稅稽徵規則第41條第2項規定，本規則修正條文，自發布日施行。是以，上開修正規定，於該部發布日施行。
