為促進海峽兩岸經貿交流，便利人民往來，海峽兩岸陸續簽署「海峽兩岸海運協議」及「海峽兩岸空運補充協議」，雙方同意對航運及航空公司參與兩岸船舶及航空運輸，在對方取得之運輸收入及所得，於互惠原則下，相互免徵營業稅及所得稅，以解決兩岸船舶運送業及民用航空運輸業所面臨之兩岸雙重課稅問題。
執行前述兩岸直航互免稅捐措施之法律依據－「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第29條之1，業奉 總統於99年6月15日公布，並經行政院核定自同月18日施行。財政部依據該條第2項訂定之「海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法」，將於近期內發布施行，俾利執行兩岸海運及空運相互減免營業稅及所得稅作業。
財政部賦稅署進一步說明，兩岸海運事業於97年12月15日以後、兩岸空運事業於98年6月25日以後從事兩岸海、空運直航取得之運輸收入及所得，均可於對岸適用免徵營業稅及所得稅之規定。大陸地區海、空運事業於上開日期以後自臺灣地區載運客、貨進入大陸地區取得之運輸收入及所得，如已依各類所得扣繳率標準課稅，或已辦理結算申報或申報納稅者，得依上開「海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法」第6條規定，自繳納稅款之日起5年內，檢附相關證明文件及扣繳憑單或繳款書等，向原受理申報之稅捐稽徵機關辦理退稅。
財政部賦稅署表示，上開互免稅捐規定可有效解決我國航空公司在大陸地區營運所面臨之雙重課稅及資金積壓於大陸無法匯回之問題，並降低我國海運及空運業者營運成本，減少租稅課徵之不確定性，進而增加其國際競爭力。
