南區國稅局表示，依營業人開立銷售憑證時限表規定，包作業應於工程合約所載之每期應收價款時開立統一發票，縱使工程款未收訖，仍不影響其有依法開立統一發票之作為義務。
甲公司承攬政府公共工程，其中工程尾款，未依營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付政府機構及報繳營業稅，違反營業稅法第32條第1項前段及第35條第1項等規定，被國稅局查獲，除補徵營業稅額外，並就所漏稅額裁處罰鍰。甲公司不服，主張承包工程的每期價款，都已依規定開立統一發票，因為尾款尚有爭議，在法院審理中，所以未開立，沒有逃漏稅的意圖等理由，提起行政救濟，但遭高等行政法院判決敗訴。
高等行政法院判決理由指出，甲公司雖因承包工程逾期完工，與政府機構因逾期罰款發生糾紛，向法院提起請求確認逾期罰款債權不存在之訴，然系爭工程尾款，不論是政府機構先行給付，或者以逾期罰款抵銷，都不會影響甲公司應該依上述規定時限開立統一發票及報繳營業稅。故甲公司並不因系爭工程尚有逾期罰款之糾紛，未請領工程尾款，而免除其就系爭工程尾款開立發票及報繳稅款之義務。國稅局依營業稅法第51條第3項規定，按所漏稅額裁處罰鍰，並沒有錯誤，因此判決甲公司敗訴。
國稅局提醒承包土木建築工程的營業人，應注意按工程合約記載每期應收價款時開立統一發票交付買受人，以免被查獲遭受補稅及處罰。
