本縣為農業縣，農地移轉相當頻繁，花蓮縣地方稅務局表示，自89年1月28日起，作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。依這項規定應由權利人及義務人申報土地移轉現值時，於土地現值申報書註明「本筆土地為農業用地符合土地稅法第39條之2第1項規定，茲檢附農業用地作農業使用證明書，申請不課徵土地增值稅」提出申請；其未註明者，應於土地增值稅繳納期間屆滿前補行申請，逾期，則不可再申請不課徵土地增值稅。故而，農業用地移轉申請不課徵，必須同時具備「作農業使用之農業用地」及「移轉與自然人」這二項要件，並檢附農業主管機關核發之「農業用地作農業使用證明書」，稅捐稽徵機關才會核准。 稅務局進一步說明，不作農業使用之農業用地移轉時，應依法課徵土地增值稅，惟其於土地稅法修正施行後第一次移轉或取得不課徵土地增值稅後再移轉且89年1月28日公布生效時係為符合作農業使用之農業用地，其原地價可申請調整為修法當期公告土地現值，如此土地增值稅可少繳許多，甚而免繳。 稅務局舉例說明，曾先生於80年9月1日取得免徵土地增值稅之農業用地800平方公尺，核定其移轉現值為每平方公尺100元，99年7月6日以移轉現值每平方公尺900元申報買賣移轉，移轉現值總額為72萬元（900×800＝72萬元），如果該筆土地在89年1月28日為符合作農業使用之農業用地，曾先生即可申請以當期之公告土地現值每平方公尺850元為原地價依法課徵土地增值稅，再乘以物價指數105.9％，按物價指數調整後之原地價總額則為72萬120元（850×800×105.9％＝72萬120元），移轉現值總額72萬元扣除按物價指數調整後之原地價總額72萬120元後，因無漲價總數額，故曾先生之土地目前雖不作農業使用也能免徵，土地增值稅省很大。
