財政部臺灣省北區國稅局表示：個人綜合所得稅結算申報，除結婚或離婚當年度可選擇與配偶合併或分別申報外，於婚姻關係存續中，夫妻所得應合併申報，如未合併申報致有短漏稅捐者，應按所漏稅額處1倍之罰鍰。
該局進一步說明：依所得稅法第15條第1項規定，納稅義務人之配偶應由納稅義務人合併報繳。是以，納稅義務人如因夫妻分居，無法合併申報綜合所得稅時，應於申報書上寫明配偶資料並註明分居，如果夫妻分開申報而未於申報書寫明配偶關係，致稽徵機關無法歸戶其所得合併課稅者，應依所得稅法第110條第1項規定處罰。其漏稅額計算，以夫妻合併課徵計算之應納稅額，減除夫妻分開申報各自計算之應納稅額之和後之差額認定。依現行稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表之規定，夫妻所得分開申報逃漏所得稅者，處所漏稅額1倍之罰鍰。
該局呼籲納稅義務人，98年綜合所得稅結算申報，如有誤將夫妻所得分開申報情形，請儘速向所屬稽徵機關更正申報，以免日後遭稽徵機關查獲補稅處罰。
