財政部臺灣省北區國稅局表示：營利事業符合促進產業升級條例第9條之2計算免稅所得者，如非屬獨立計算免稅所得者，非營業損益應按科目內容性質逐筆明確區分其與經核准並完成投資計畫產品有無關聯；其屬無關聯者，應自全年所得額中減除或加回，不能再將無法直接合理明確歸屬部分，按經核准並完成投資計畫產品收入與非經核准並完成投資計畫產品收入之比例推估計算其歸屬。
按「製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」第7點第2項規定：依公式計算免稅所得額者，其非營業收入或非營業損失應按科目內容性質逐筆明確區分其與經核准並完成投資計畫產品（勞務）有無關聯；其屬無關聯者，應自全年所得額中減除或加回；只有公司係屬前揭要點第4點規定，採獨立計算免稅所得者，始須按該要點第7點第3項規定，另將無法直接合理明確歸屬之非營業損益，按經核准並完成投資計畫產品（勞務）收入與非經核准並完成投資計畫產品（勞務）收入之比例推估計算其歸屬。
該局表示：轄區內某營利事業，按促進產業升級條例第9條之2規定申報免稅所得800萬元，經查核發現該公司申報非營業收入1,450萬元及非營業損失4,000萬，其中可明確區分與投資計畫產品無關之非營業收入1,000萬元及無關之非營業損失200萬元，屬無法直接合理明確歸屬之非營業收入450萬元及非營業損失3,800萬元，該公司乃按前揭要點第7點第3項規定計算投資計畫產品應分攤之無法直接合理明確歸屬之非營業收入250萬元及非營業損失2,100萬元，自全年所得額中減除與投資計畫產品無關之非營業收入金額1,200萬元【1,000萬+(450萬-250萬)】，加回與投資計畫產品無關之非營業損失金額1,900萬元【200萬+(3,800萬-2,100萬)】。
北區國稅局表示，因該公司免稅所得之計算非採獨立計算之方式，故僅得按該要點第7點第2項之規定，直接按各科目內容性質逐筆明確區分其與投資計畫產品有無關聯，不須再按分攤比例計算投資計畫產品應分攤多少無法直接合理明確歸屬之非營業損益，所以該公司在計算免稅所得時，應自全年所得額中減除與投資計畫產品無關之非營業收入金額1,000萬元及加回投資計畫產品無關之非營業損失金額200萬元，因此調整減列免稅所得434萬元。
該局呼籲，營利事業申報五年免稅所得時，應注意相關稅法規定調整列報。
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