財政部表示，稅捐稽徵法第44條規定：「營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰……前項處罰金額最高不得超過新臺幣100萬元。」據此，營利事業未依法規定給與憑證、取得憑證或保存憑證，係按經查明認定總額處百分之五罰鍰，惟處罰金額最高不得超過新臺幣（下同）100萬元。
財政部說明，稅捐稽徵法第44條所稱「查明認定之總額」，按其文義，應係以查獲「當次」之違章金額作為罰鍰計算基準，尚無須就查獲違章金額按年或按特定期間（例如營業稅之每2個月為1期）分別計算；另當次查獲營利事業違反憑證義務，倘包括未依法規定給與、取得及保存憑證等不同違章態樣，因依法規定給與、取得或保存憑證係營利事業不同之行為義務，倘有違反，應分別處罰並就處罰金額分別適用稅捐稽徵法第44條第2項之規定。
為資明確，財政部於99年12月20日發布令核釋依稅捐稽徵法第44條規定論處之違章案件，係就查獲當次查明認定之總額，就營利事業未依法規定給與憑證、取得憑證或保存憑證金額分別計算百分之五罰鍰後，分別適用同條第2項關於處罰金額最高不得超過100萬元之規定。舉例而言，某營利事業銷售依法免徵營業稅之未經加工生鮮農產品，經國稅局查獲95至98年間未依法規定開立免稅統一發票交付買受人之總金額為4,000萬元，另查獲該期間尚有未依法規定保存憑證情事，經查明認定總金額為1,000萬元，則該營利事業因未依法規定給與他人憑證而應依稅捐稽徵法第44條規定論處之罰鍰金額為100萬元（4,000萬元X 5％=200萬元，處罰金額上限為100萬元），另未依法規定保存憑證而應依稅捐稽徵法第44條規定論處之罰鍰金額為50萬元（1,000萬元X 5％=50萬元），總計罰鍰金額為150萬元（即100萬元＋50萬元）。
為確保營利事業交易前後手憑證資料臻於詳實，財政部籲請營利事業應依法規定據實給與、取得及保存憑證，以免受罰。
