依離島建設條例第10條第1項規定，凡於澎湖、金門及馬祖、綠島、蘭嶼及琉球等地區已辦妥營業登記或設籍課稅之營業人，於當地銷售並交付使用之貨物或於當地提供之勞務，始能免徵營業稅。雖離島地區營業人銷售貨物在當地交付及使用，免徵營業稅，惟其營利事業所得稅並無免徵之適用。
因離島地區觀光業興盛，當地農漁產品行銷全國，該局發現離島地區之特產行，將貨物銷售至台灣本島，常因疏忽漏未開立發票，致遭受補稅處罰。因此特別提醒如屬經核定使用統一發票之商號，銷售貨物予當地觀光客，可適用免徵營業稅規定，惟仍應依法開立統一發票及申報銷售額，並依統一發票使用辦法第8條規定於統一發票明細表免稅欄上註記，惟仍應計算申報營利事業所得稅。惟如採網路、電話等銷售方式，未直接於當地交付貨物而係寄送至台灣本島者，則非屬免稅範圍，應依法開立發票並申報繳納營業稅，更應計算申報營利事業所得稅。
國稅局呼籲，上述離島地區營業人，銷售貨物或勞務時應按交付地或使用地，據實開立發票，並申報繳納營業稅，切勿誤認為離島銷售貨物一律免稅而漏開發票。如有上述短漏報情事者，趕緊依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報並補繳所漏稅額，以免被補稅處罰。
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