財政部高雄市國稅局表示：產業創新條例子法規「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」已於99年11月8日發布，並追溯自99年1月1日起施行。產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減租稅優惠，其適用範圍、申請程序及審查機制與過去促進產業升級條例規定已有不同，其中最大的改變在於審核機制之調整，以往研究發展事實之認定係由國稅局自行審核，新辦法規定須先向中央目的事業主管機關申請審查認定，並向稅捐稽徵機關完成研發支出投資抵減申報程序，始得適用投資抵減之獎勵。
該局為讓營利事業進一步明瞭，特整理出新、舊法間之差異，提供參考：
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