產業創新條例第10條授權訂定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」於99年11月8日發布，施行日期配合產業創新條例追溯至99年1月1日。 產業創新條例之投資抵減辦法所獎勵之研究發展支出，應具備高度之創新，並以公司自主研發為原則，且公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用，公司若將研發之產品或技術提供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。 前揭投資抵減辦法明定，公司創新研究發展事實之認定，由各中央目的事業主管機關負責，營利事業申請適用該抵減辦法者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日後1個月內（以會計年度採曆年制之公司為例，即於次年2月至6月間），檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之認定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。另營利事業專為用於研究發展所購買或使用之專用技術、專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統，及公司與國內、外業者共同研發之專案須申請中央目的事業主管機關專案認定者，應於費用發生當年度或首次分攤支出之年度向中央目的事業主管機關提出專案認定，逾費用發生年度或首次分攤支出年度始提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。 99年度營利事業之研究發展支出若有適用產業創新條例者，最遲應於會計年度結束後6個月內前向中央目的事業主管機關提出研發事實之認定，否則將無投資抵減之適用。
