嘉義市政府稅務局表示，依財政部100年2月21日台財稅字第09900426890號令，實施者依都市更新條例第30條第1項規定取得更新後之建築物，係由土地所有權人獲配後折價抵付共同負擔而移轉予實施者，該次移轉應依同條例第46條第6款規定免徵契稅，日後再行移轉，就不再有都市更新條例第46條第6款之適用。至合法建築物所有權人、他項權利人依同條例第39條第2項規定取得更新後之建築物，亦係由土地所有權人獲配後移轉，該次移轉按契稅條例及都市更新條例第46條第3款規定，依權利變換取得之建築物，於更新後第一次移轉時，減徵契稅百分之四十，日後再行移轉，就不再有都市更新條例第46條第3款之適用。
該局進一步表示，財政部96年12月18日台財稅字第09604557380號函說明「次依同條例第3條第5款規定，土地所有權人、合法建築物所有權人、他項權利人或實施者參與權利變換後，按其權利價值或提供資金比例受配更新後建築物之應有部分，其性質可認屬出資興建房屋之原始起造人，非屬契稅條例第2條之課稅範圍。」文字，自即日起刪除。
該局亦指出，在財政部令發布前，已申報契稅之案件，仍依財政部修正前96年函規定辦理。
