財政部針對媒體報導特種貨物及勞務稅條例未強迫買賣方登錄個案實際交易價格、未設買方作為代徵人，以及辦理所有權登記時並未要求提出完稅證明等，缺少三大配套措施，影響該條例之施行效果疑義乙節，特提出說明。
財政部表示，為確保納稅義務人依法繳稅，原可規定所有權人應於辦理所有權登記時提示完（或免）稅證明始可辦理過戶，惟依內政部統計處公布99年建物買賣所有權登記資料388,298件，排除非課徵範圍後僅餘約2萬件（占全部買賣件數之5％），如要求約36萬件不需繳納特種貨物及勞務稅之民眾均須向稽徵機關申報後取具免稅證明始能向地政機關辦理過戶，將增加廣大民眾負擔，且稽徵機關亦須針對36萬件逐案審查，俟核定非屬課稅範圍後始能核發免稅證明，勢將影響不動產交易進行及辦理移轉登記之時間，乃規劃採自動誠實申報事後查核制度，由納稅義務人自行計算稅額申報繳納，稽徵機關事後再就查得資料稽核，若有短報或漏報情事，另行發單補徵並依法處罰。
財政部特別說明，外界關注納稅義務人若未誠實申報，稽徵機關查核能力與效果問題，依稽徵機關多年來在各稅目累積之查核技術及對人員之專業訓練，針對此類少數短期移轉非自住房地案件（約2萬件）將嚴予查核，當能落實執行本條例。其經查明屬應課徵特種貨物及勞務稅範圍而未申報繳稅或有短報銷售價格者，除補繳稅款外，並視其違章情節輕重，處以3倍以下罰鍰；若涉及利用他人名義銷售不動產以規避其應納稅捐者，除補徵稅額外，亦會被處3倍以下罰鍰；至於幫助他人逃漏稅捐者，依稅捐稽徵法第43條規定，可處以罰金或追究刑責。該部呼籲納稅義務人務必誠實申報繳稅，以免受罰。
至未設買方為代徵人部分，適用本條例草案之不動產買賣雙方多為個人，且除對持有超過2年移轉之房屋及其坐落基地排除課稅外，尚排除非屬得核發建造執照之都市土地，以及土地所有權人與其配偶及未成年直系親屬僅有一處自住房地、作農業使用之農舍、公共設施保留地徵收前之移轉、因強制拍賣、繼承或受遺贈取得之房地、營業人興建房屋完成後第一次移轉、銀行處分因行使抵押權取得之不動產、以自住房地拆除改建、合建分屋及都市更新依權利變換所分配取得等合理、常態與非自願性移轉之案件，上開排除項目涉及許多專業法規，若要求買受人自行認定個案是否應課徵特種貨物及勞務稅予以代徵，實務執行上恐有困難，且將增加買賣雙方爭議，實屬不宜。
財政部強調，特種貨物及勞務稅條例由於課稅標的數量有限，在節省稽徵成本及納稅義務人依從成本原則考量下，採誠實申報事後查核機制，以提升效率及不殃及無辜。在國稅局查核專業能力下必能落實本條例之立法意旨，期盼納稅義務人依法誠實申報，切勿以身試法。
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