公司虧損年度應先減除投資收益後以餘額盈虧互抵
公司組織的營利事業，同時符合會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期申報等條件者，可以將經稽徵機關核定前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課，簡單來說，就是可以適用盈虧互抵。
南區國稅局表示，依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業在適用所得稅法第39條規定盈虧互抵時，從本年度純益額中扣除前10年各期核定的虧損，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之淨額，自本年度純益額中扣除。
該局最近查核100年度委託會計師簽證營利事業所得稅結算申報案件時，發現有些案件所申報之盈虧互抵餘額與該局核定數不符，究其原因，主要是公司未將虧損年度之投資收益先抵減虧損。該局舉例說明，甲公司99年度經核定虧損為3百萬元，其當年度有免計入所得額之投資收益2百萬元，則甲公司99年度虧損得於以後年度適用盈虧互抵之金額應為1百萬元（即3百萬元減2百萬元），而非3百萬元。
該局特別提醒營利事業，適用盈虧互抵規定時，除應特別注意符合所得稅法規定適用的資格要件外，更別忘了把免計入所得額課稅的投資收益從虧損額減除，才能正確適用盈虧互抵，以免影響自身權益。
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