證券交易所得課稅102年起上路，個人的證券交易所得於102至103年採「設算課稅」與「核實課稅」雙軌制；自104年起採「核實課稅」單軌制。
自102年起至103年止，採雙軌制課徵，除特定範圍應強制核實課稅外，納稅義務人可選擇「核實課稅」或「設算課稅」。無法參與選擇課徵方式，按核實課稅之特定範圍為：
(一)境內居住之個人：出售未上市、櫃股票；當年度出售興櫃股票10萬股以上；出售初次上市、上櫃前取得之股票，但排除下列情形：①屬101年12月31日以前初次上市、上櫃的股票。②屬承銷取得且各該初次上市、上櫃公司股票數量在1萬股以下。
(二)非中華民國境內居住之個人。
其餘上市、上櫃、興櫃股票的交易所得將可選定設算所得就源扣繳或核實計算所得分開計稅、合併申報。
個人選定適用設算課稅時，當出售日前一交易日台股加權股價指數之收盤指數未達8,500點時，均不課稅，若股價指數在8,500點以上，則以出售金額按推計純益率1 ‰~3 ‰設算證券交易所得額，並依20%的扣繳率就源扣繳0.2‰~0.6‰所得稅。證券交易所得額不併計綜合所得總額，次年5月綜合所得稅結算申報時，毋需申報已設算的證券交易所得。
納稅義務人如有任何疑問，可利用免費服務電話0800-000-321洽詢，或上中區國稅局網站www.ntbca.gov.tw 點選網頁電話洽詢。